S.S. Trinly Sakyapa Rinpoche nasceu no Sakya P'hüntsok em 1934. Seu pai era Sakya Trizin Ngawang Thutop Wangchuk, detentor do trono Sakya, e sua mãe era Gyalyum Dechen Drölma. Seu irmão mais velho é S.S. Jigdal Dagchen Sakya Rinpoche.

Em sua vida anterior, S.S. Trinly Rinpoche foi o monge Jamyang Thubten Zangpo, irmão mais novo de Sakya Trizin Dragshül Trinley Rinchen (avô do atual Sakya Trizin). Sua residência era a mansão Nagtse Labrang, uma ramificação de Drölma P'hodrang. Naquela vida, S.S. Trinly Rinpoche tomou os votos monásticos, de noviço e de monge pleno, do 13º Dalai Lama, Thubten Gyatso; e pelo seu comprometimento com a vida monástica, trouxe para esta vida mesma a vocação.

S.S. Trinly Rinpoche teve a educação tradicional dos membros da família Khön. Começou com a iniciação de Manjushri pelo seu pai. Então, após aprender a ler e escrever, S.S. Trinly Rinpoche decorou o Hevajra Tantra. Seu pai, como seu Lama Raiz, ensinou-lhe as escrituras sagradas e concedeu-lhe as iniciações e ensinamentos de todos os tantras em Sakya. Após receber cada iniciação e ensinamentos, cumpriu os retiros de meditação exigidos. Também recebeu de seu pai o Lamdre Tsogshe.

S.S. Trinly Rinpoche acompanhou seu pai nas viagens aos lugares sagrados no Tibet, Índia e Nepal. Seu orientador foi P'hönlob Shedrup, de quem recebeu a orientação para a memorização dos tantras, o estudo das danças religiosas, de música, de filosofia e da confecção de mandala. S.S. Trinly Rinpoche também recebeu ensinamentos de Champa Jampal Zangpo sobre os textos e comentários do Bodhicaryavatara e do Madhyamikavatara.